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基于城市尺度宏基因组学的人类和细菌多样性地理空间解析( Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics )
E Afshinnekoo C Meydan S Chowdhury D Jaroudi C Boyer N Bernstein JM Maritz D Reeves J Gandara S Chhangawala
摘要在我们的环境中存在的大量微生物和其他物种影响着人类的健康和疾病,特别是在城市中,但还没有用宏基因组学在城市范围内进行描述。我们对整个纽约市(NYC)地铁系统、戈瓦努斯运河和公共公园表面的DNA进行了测序。近一半的DNA(48%)与任何已知生物都不匹配;已鉴定的生物体跨越1688个细菌、病毒、古细菌和真核生物分类群,其中与皮肤相关的属(如不动杆菌)丰富。在地铁表面留下的人类DNA的祖先预测可以重述美国人口普查数据,细菌特征可以与车站的历史相匹配,比如飓风淹没车站中的海洋相关细菌。这张纽约市的基线宏基因组图可以帮助长期疾病监测、生物恐怖主义威胁的缓解以及城市建成环境中的健康管理。
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