长须鲸制品的性别决定:动物考古学中古代DNA的应用-科学指导( Sex determination of baleen whale artefacts: Implications for ancient DNA use in zooarchaeology - ScienceDirect )

Mikkel-Holger S. Sinding a b Outi M. Tervo c Bjarne Grnnow d Hans Christian Gullv d Peter A. Toft d Lutz Bachmann b Katharina Fietz a e Silje L. Rekdal b Mads F. Christoffersen f Mads Peter Heide-Jrgensen c Ancient DNA Zooarchaeology Sex determination

从哺乳动物的组织标本中确定性别的方法包括只从雄性中扩增Y染色体特异性区域，或扩增含有XY特异性SNPs的X、Y染色体同源区域。第一种方法的一个缺点是，PCR失败可能会被错误地解释为识别出一个女性。后一种方法被提议通过X同系物的不扩增来识别PCR失败，该同系物应该在两性中都存在。因此，该方法潜在地更适合于具有高PCR失败概率的降解DNA的分子性别鉴定，例如古DNA样品。在此，我们研究了这个假设的有效性，即使用XY同源物PCR测定古DNA的分子性别。我们利用100-4500年的弓头鲸样本的古DNA提取物，对一组针对ZFX/ZFY等位基因的引物进行了检测，并与已知性别的现代弓头鲸的稀释序列进行了比较。对来自古代材料的PCR产物进行DNA测序，证实X同源物的PCR扩增成功率高于Y同源物。通过对现代样本的高稀释DNA提取物的检测，进一步评估了这种潜在的性别偏见，对于这些样本，雌性的X同源物的PCR扩增成功率始终高于雄性的任何一个同源物，而PCR循环阈值也低于雄性的任何一个同源物。这很可能是由于X同源物在雌性体内的拷贝数较高，尽管该协议的其他未知属性也可能导致观察到的偏倚。目前的个案研究提供了一个有价值的例子，说明了动物考古学中，古代哺乳动物DNA分子性别确定的潜在陷阱。高通量测序方法，其中足够大量的读数可以明确地映射到X和Y区域，应该克服这些偏差，并且是利用降解DNA确定分子性别的最稳健的方法

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