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全长转录组的比较分析揭示了洛芬草茎的发育动态( Comparative Analyses of Full-Length Transcriptomes Reveal Gnetum luofuense Stem Developmental Dynamics )
C Hou H Lian Y Cai Y Wang B He
买麻藤属的主要种类是泛热带藤本植物，有广泛的工业用途，包括用于弦、网和纸的生产。尽管许多研究已经调查了茎发育过程中的解剖结构，但调控买麻藤属物种这一发育轨迹的潜在分子机制仍然不甚了解。利用Oxford Nanopore技术从该属的树生植物罗福买麻藤的4个茎发育阶段中获得了12个全长转录体。该分析结果揭示了总共24,151个选择性剪接(AS)和134,391个选择性多聚腺苷酸化事件。在4个发育阶段中，发现AS事件具有显著的动态模式，特别是内含子保留的情况，而在不同poly(A)位点的转录数中没有发现动态模式。共检测到728个长非编码RNA；顺式调节的靶基因数量显著增加，而反式调节的靶基因数量无明显变化。此外,对所有全长转录本的K均值聚类分析表明,初生生长与碳水化合物代谢和真菌防御有关,次生生长与光合作用、氮素运输和叶片个体发育密切相关。利用加权基因共表达网络分析和差异表达的转录本发现bHLH、GRF和MYB相关转录因子参与初代生长，而ap2/erf、MYB、NAC、PLAZ和bZIP参与次生生长。本研究的结果进一步证明了纳米孔测序技术为产生全长转录组数据以及研究种子植物器官发育提供了一种经济有效的方法。
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