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异源多倍体中同源基因表达和共表达网络分析及进化推断( Homoeologous gene expression and co-expression network analyses and evolutionary inference in allopolyploids )
G Hu CE Grover MA Arick M Liu JF Wendel
多倍体是真核生物中普遍存在的现象。由于重复基因组的共存，多倍体为估计基因表达水平提供了独特的挑战，而估计基因表达水平对于理解伴随多倍体的大量和各种形式的转录组反应是必不可少的。尽管以前的研究已经探索了多倍体转录组谱的生物信息学，但是来自重复基因拷贝的转录物的不准确定量的原因和后果还没有被解决。以棉花属（Gossypium）的转录组学数据为例,我们提出了一个分析工作流程,以评估在RNA-seq分析的不同阶段（从同源表达定量到用于推断多倍体表达进化关键现象的下游分析）的多种生物信息学方法选择。总体而言，GSNAP-PolyCat优于其他测试过的量化管道，其派生的表达数据集最好地代表了预期的同源表达和共表达分歧。共表达网络分析的性能受homoeolog量化的影响小于受网络构建方法的影响，其中加权网络的性能优于二进制网络。通过研究homoeolog阅读歧义的程度和后果，我们阐明了可能影响我们对重复基因表达理解的潜在伪影，包括对homoeolog共调控的高估和对网络拓扑中亚基因组不对称性的错误推断。综合起来，我们的工作指向了一套我们希望广泛适用于多倍体进化探索的合理做法。
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