创伤性肺损伤中环状rna表达谱的基因芯片和生物信息学分析( Microarray and bioinformatics analysis of circular RNAs expression profile in traumatic lung injury )

Y Jiang F Zhu GS Wu KA Wang ZF Xia

急性肺损伤(ALI)和呼吸窘迫综合征是常见的、潜在的致死性损伤，主要发生在胸部创伤之后。环状RNAs（circRNAs）是一种稳定、保守的非编码RNAs,广泛表达于不同器官。据我们所知，以前没有研究表明circRNAs是否参与创伤性肺损伤(TLI)。本研究旨在鉴定TLI患者血浆中高表达的circRNAs并探讨其在TLI发病机制中的潜在作用。利用高通量circRNA微阵列研究了5例TLI患者血浆样品和配对对照样品中circRNA的表达谱。随后，用逆转录定量PCR（RT-qPCR）检测了5个异常表达的circRNAs。通过生物信息学分析预测一个竞争性内源性RNA（ceRNA）网络。此外，利用基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析来确定主要的生物学过程和途径。最后，检测额外的样本以鉴定所选CircRNAs的表达谱。在微阵列分析中高表达的310个circRNAs中，有60个在TLI患者中上调，250个在TLI患者中下调。RT-qPCR结果显示两个下调的circRNA(circ_102927和circ_100562)和一个上调的circRNA(circ_101523)与基因芯片结果一致。生物信息学分析构建了基于三个验证的CircRNAs的靶向网络。GO和KEGG的分析确定了十个最丰富的注释。TLI患者血浆中hsa_circRNA_102927(hsa_circRNA_102927)的表达为对照组的0.34倍。本研究结果证实了TLI患者血浆中circRNAs的差异表达，并提供了参与ceRNA网络的高表达circRNAs可能在TLI的病理生理过程中起作用的证据。

SciDown文献求助系统（解决99%问题） Public Download ResearchGate Ingenta