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使用计算序列描述符聚类来自不同地理区域的寨卡病毒( Clustering of Zika viruses originating from different geographical regions using computational sequence descriptors )
M Vrako SC Basak D Sen A Nandy
在本报告中，我们考虑了一个数据集，该数据集由来自不同大陆、非洲、亚洲和南美洲的310个寨卡病毒基因组序列组成。从GenBank中获得的序列来自于不同哺乳动物（猿形目、大口伊蚊、非洲伊蚊、黄体伊蚊、达尔济利伊蚊、埃及伊蚊和智人）的宿主细胞。在化学计量学处理中，序列由序列图或邻域矩阵导出的序列描述符表示。用马氏距离、主成分分析(PCA)和自组织映射(SOM)等三种化学计量学方法对其进行了分析。使用这三种方法可以很好地分离产地样品。来自不同大陆的310个寨卡病毒基因组序列的背景研究。目的应用无比对序列比对和化学计量学方法对世界各地寨卡病毒序列进行鉴定和比较。方法采用马氏距离分析法、自组织映射法、主成分分析法对寨卡病毒序列数据进行化学计量学分析。结果基因组序列根据起源地区（大陆、国家）进行聚类。结论非洲样本与亚洲和南美样本有较好的分离。
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