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蛋白质数据库:RaSPDB( Random sampling of the Protein Data Bank:RaSPDB )
Oliviero Carugo
描述了一种新的简单的蛋白质数据库挖掘程序(RaSPDB)。构建10个PDB子集,每个子集包含7000个随机选择的蛋白质链,并用于对一般特征F-蛋白质链的长度、氨基酸组成、晶体学分辨率和二级结构组成的平均值进行10次估计。然后使用这10个估计值来计算F的平均估计值及其标准误差。启发式验证了这10个子集(7000条蛋白质链)的维数足够小以避免每个子集内的冗余,并且足够大以保证不同子集之间的稳定估计。与旨在构建单个非冗余PDB子集的经典过程相比,RaSPDB有两个主要优势:使用了存储在PDB中的更大部分信息,并且可以估计F的标准误差。
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