结合全基因组关联研究和差异基因表达数据分析，确定了影响奶牛中两种不同病原体引起的乳腺炎的候选基因( Combining Genome Wide Association Studies and Differential Gene Expression Data Analyses Identifies Candidate Genes Affecting Mastitis Caused by Two Different Pathogens in the Dairy Cow )

C Xing Z Cheng S Zhang D Werling DC Wathes Innate Immunity Disease Resistance E. coli S. Uberis SNP Somatic Cell Count

乳腺炎是一种昂贵的疾病，它阻碍了乳制品工业。乳腺发炎通常是由细菌感染引起的，主要是大肠杆菌、优氏链球菌和金黄色葡萄球菌。随着越来越多的细菌对多药产生耐药性，降低疾病发病率的一个潜在方法是选择性地繁殖以获得最合适的和潜在的保护性先天免疫反应。然而，由于发生的复杂相互作用，遗传对有效抗病的贡献很难确定。在本研究中，我们从两个已发表的数据集中寻找在大肠杆菌或优氏杆菌的乳腺内攻击后，乳腺组织中表达变化相似的共同差异表达基因（DEGs）。另外，利用7个已发表的关于不同奶牛群体的全基因组关联研究(GWAS)的结果编制了一份与体细胞计数相关的SNPs列表。根据UMD3.1程序集，从Ensembl数据库中检索到所有位于2 Mbp内的有意义的SNPs的基因。从DEG和GWAS研究中鉴定出的48个在先天免疫应答中起作用的候选基因的最终列表进一步使用独创性通路分析进行分析。牛乳腺对这两种细菌感染反应的主要信号通路为：1）粒细胞粘附和粘附，2)肾素受体信号，3)RhoA信号，4)LPS/IL1介导的RXR功能抑制。在乳腺炎症过程中，这些途径组成了调节白细胞，特别是中性粒细胞活性的网络。及时和适当地控制白细胞向感染位点的移动对于实现病原体清除和过度组织损伤之间的良好平衡显得尤为重要。提示SELP、SEL、BCAR1、ACTR3、CXCL2、CXCL6、CXCL8和FABP等途径中关键基因的多态性可能影响奶牛抗乳房炎的能力。

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