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根分泌物对根际假单胞菌转录组的影响( The effect of root exudates on the transcriptome of rhizosphere Pseudomonas spp )
OV Mavrodi JR Mcwilliams JO Peter A Berim D Mavrodi
植物与微生物密切相关，这些微生物对植物的发育、活力和适应力产生积极的影响，以应对病原体和非生物胁迫。植物微生物组的大部分集中在地下植物根系-土壤界面处。植物根系分泌含初级和次级低分子量代谢物、裂解物和粘液的富碳根沉积物。这些分泌物为土壤微生物提供养分，并调节它们对寄主植物的亲和力，但这一过程的分子细节在很大程度上尚未解决。我们通过研究荧光假单胞菌类群中八个特征良好的有益菌株与短链孢菌之间的分子对话来弥补这一差距，短链孢菌是具有重要经济意义的食物、饲料、草料和草科生物量作物的模型。我们收集并分析了远端假单胞菌根分泌物，证实了多种碳水化合物、氨基酸、有机酸和酚类化合物的存在。随后通过Biolog表型微阵列对细菌的筛选发现，这些代谢产物中的许多为假单胞菌菌株提供了碳和能量。用根分泌物修正的细菌培养物的RNA-seq谱显示了编码多种分解代谢和合成代谢酶、转运体、转录调节因子、胁迫反应和保守的假设蛋白的基因表达的变化。近一半的差异表达基因定位于菌株泛基因组的变异部分，反映了变异基因含量在荧光假单胞菌适应根际生活方式中的重要性。我们的结果共同揭示了在这些有益的根际细菌和它们的植物宿主之间建立互惠相互作用的基础上的细胞途径和生理反应的多样性。
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